In den March-Thaya-Auen existieren besondere hydrologische und klimatologische Verhältnisse. Wassergebundene Lebensräume gehen über in sehr trockene Standorte und umgekehrt. 55 Säugetiere, 292 Vögel und 11 Amphibien fühlen sich in den March-Thaya-Augen ganz besonders wohl. Hinzu kommen Reptilien, Insekten, Fische und Mollusken (Weichtiere).
25 Tierarten sind entsprechend den Natura 2000 Richtlinien geschützt. Sämtliche Amphibien in den March-Thaya-Auen zählen zu den gefährdeten Tierarten. Ihr besonders schützenswerter Status fand deshalb auch Eingang in die sogenannte „rote Liste der gefährdeten Arten“.
via donau setzt bei der Sanierung des Dammes zahlreiche Maßnahmen, um die Fauna der March-Thaya-Auen während der Bauarbeiten zu schützen. Dabei wird aber auch darauf geachtet, im Interesse der Bevölkerung Verzögerungen bei den Bauarbeiten zu vermeiden.
In Zeiten der Amphibien-Wanderungen stellt via donau Schutzzäune für die heimischen Amphibien auf. Die Schutzzäune werden mit Behältern ausgestattet. Jeden Morgen, vor Beginn der Bauarbeiten, werden die in die Behälter gefallenen Amphibien auf die andere Seite der Baustelle getragen. Dort werden die Amphibien wieder freigelassen und sie können ihre Wanderung fortsetzen. Amphibien innerhalb der Einzäunungen werden ebenfalls eingesammelt und aus dem abgegrenzten Baustellenbereich getragen.
via donau achtet bei der Planung der Dammsanierung sehr genau auf die ökologische Sensibilität der Region. Brutvögel, wie der Schwarzstorch aus der Familie der Störche oder Greifvögel, wie der Rot- und Schwarzmilan oder der Seeadler gelten als sehr empfindlich bei Störungen. Beispielsweise der Schutz der Reiherkolonien und der Storchenkolonie auf der Schlosswiese in Marchegg beeinflusst ebenfalls die Planung. So plant via donau die Brutzeiten in die konkrete Umsetzung der einzelnen Baulose ein. Ökologisch sensible Bereiche werden deshalb in Brutzeiten von Baumaßnahmen verschont, weniger sensible Bereiche dafür vorgezogen.
Biber können mit ihren scharfen Zähnen einen Damm zerstören. Damit dies nicht passiert, setzt via donau bei der Dammsanierung Biberschutzgitter ein. An einem 20 kg schweren „Versuchsbiber“ testete ein Biber-Experte vom Institut für Wildtierkunde und Ökologie unterschiedliche Geo- bzw. Drahtgitter. via donau wählte schließlich ein Biberschutzgitter, welches sich durch seine hohe Beständigkeit auszeichnet.
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