Tauwetter und Niederschläge waren im März/April 2006 die Auslöser für ein Hochwasser an der March und Thaya. Die daraus resultierenden Dammbrüche bei den Orten Jedenspeigen, Stillfried und Mannersdorf führten zu umfangreichen Überschwemmungen mit Schäden von rund 72 Millionen Euro. Zu diesem Zeitpunkt war das UVP-Verfahren für die Abschnitte „Angern-Mannersdorf-Stillfried“ und „Waidendorf-Dürnkrut-Jedenspeigen“ noch nicht abgeschlossen.
Erst aufgrund von Untersuchungen nach dem Hochwasser 2006 stellte sich der schlechte Zustand des gesamten restlichen Hochwasserschutzdammes heraus. Der Damm wird nun einer umfassenden Generalsanierung unterzogen und ab 2013 soll der Hochwasserschutz am Stand der Technik gewährleistet sein.
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